Konstrukcja prawna systemu handlu emisjami powoduje, iż zakup uprawnień do emisji – czy to w formie EUA, czy CER czy ERU – w określonych okolicznościach może stanowić koszt pośredni prowadzenia działalności przez podatnika.
Taka kwalifikacja kosztów związanych z nabyciem uprawnień EUA oraz jednostek redukcji emisji CER lub ERU oznacza, że powinny one zostać zaliczone do kosztów uzyskania przychodów, zgodnie z art. 15 ust. 4e ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych, w momencie ujęcia kosztu w księgach rachunkowych (tj. dacie otrzymania faktury przez Spółkę) a nie w momencie zapłaty (ewentualnie potrącenia).
Do kosztów podatkowych mogą zostać zakwalifikowane także koszty, których nie da się powiązać z konkretnymi przychodami, natomiast są one związane z działalnością podatnika i ich poniesienie warunkuje prawidłowe jej prowadzenie. Właściwa kwalifikacja kosztów ma wpływ na ustalenie momentu ich rozliczenia. Mianowicie, koszty bezpośrednie są potrącalne w roku podatkowym, w którym został osiągnięty odpowiadający im przychód (art. 15 ust. 4), pozostałe koszty - co do zasady, w dacie ich poniesienia (art. 15 ust. 4d).
Przy tym, zgodnie z art. 15 ust. 4e ustawy o pdop, za moment poniesienia kosztu należy uznać dzień, „na który ujęto koszt w księgach rachunkowych (zaksięgowano) na podstawie otrzymanej faktury, czyli w praktyce datę otrzymania faktury od kontrahenta.
Specyfika kosztów pośrednich opiera się na założeniu, że ich wpływ na wielkość osiągniętych przychodów nie jest możliwy do zidentyfikowania. Kosztami takimi są więc w szczególności wydatki związane z całokształtem działalności podatnika, wynikające z konieczności wywiązywania się przez niego z obowiązków nałożonych innymi przepisami prawa, czy warunkujące prowadzenie tej działalności. Przedmiotem działalności Spółki jest produkcja energii elektrycznej, z czym nierozerwalnie związana jest emisja dwutlenku węgla, a w konsekwencji konieczność uzyskania odpowiednich uprawnień. Prawa do emisji mają kluczowe znaczenie dla prowadzenia działalności przez Spółkę, gdyż stanowią niezbędny warunek umożliwiający produkcję energii.
Biorąc pod uwagę profil działalności Spółki oraz prawne uwarunkowania prowadzenia tej działalności (w postaci "reglamentacji" nadmiernej emisji dwutlenku węgla) posiadanie
uprawnień do emisji lub jednostek redukcji emisji, których ilość pokrywa zapotrzebowanie Spółki jest warunkiem prawidłowego funkcjonowania Spółki. Tak więc nabycie praw uprawniających do emisji (jednostek redukujących emisję) jest koniecznym elementem prowadzenia działalności Spółki. Związane z tym wydatki służą zabezpieczeniu źródła przychodów Spółki, pozostają w związku z prowadzoną działalnością i jako takie mają charakter ogólnego kosztu działalności.
Ponadto podkreślono, że podmiot objęty systemem rozdziału uprawnień, w związku z pierwotnym przyznaniem uprawnień na podstawie ustawy o handlu uprawnieniami w ramach krajowego planu rozdziału uprawnień, zobowiązany jest do poniesienia określonych opłat i wydatków związanych z ich uzyskaniem.
W tym kontekście, wydatki związane z nabyciem uprawnień EUA, bądź jednostek redukcji emisji CER lub ERU są w istocie rodzajowo takie same, jak wydatki na pierwotnie przyznane jednostki praw do emisji EUA. Zarówno jednostki redukcji emisji, jak i uprawnienia EUA są konieczne podmiotowi prowadzącemu instalacje do równoważenia faktycznej emisji dwutlenku węgla, która stanowi pochodną prowadzonej przez niego działalności.
W ww. stanie faktycznym, wg opinii Dyrektora Izby Skarbowej w Katowicach wydatki na przyznanie praw do emisji EUA, jako wydatki o charakterze ogólnym, podlegają rozliczeniu w momencie zaksięgowania (ujęcia w księgach Spółki).