Kwestia księgowego ujęcia praw do emisji CO2 nie jest jednoznacznie rozstrzygnięta i funkcjonują w tym zakresie rozbieżne interpretacje. Nad wypracowaniem jednolitego standardu intensywnie pracują IASB i FASB. Przede wszystkim należy wskazać na Stanowisko Komitetu Standardów Rachunkowości w sprawie księgowego ujęcia praw (uprawnień) do emisji zanieczyszczeń do powietrza (uchwała nr 6/05 Komitetu Standardów Rachunkowości w sprawie przyjęcia stanowiska „Prawo do emisji zanieczyszczeń" z dnia 2005-11-28 - Dz. Urz. Ministra Finansów z 2005 Nr 15, poz. 134). Wg innych ujęć jedynie uprawnienia do emisji zakupione i przeznaczone do sprzedaży ujmuje się jako inwestycje w wartości niematerialne i prawne, natomiast uprawnienia do emisji otrzymane nieodpłatnie w ramach KPRU przeznaczone na własne potrzeby, ujmuje się pozabilansowo. Na poziomie prawodawstwa unijnego nie ujednolicono metodologii ujęcia księgowego uprawnień do emisji. Prace w tym zakresie są prowadzone w szeregu instytucji międzynarodowych (jak International Accounting Standards Board - IASB oraz Financial Accounting Standards Board - FASB), jak dotychczas bez widocznych rezultatów. Przyczyną tego jest zapewne złożoność systemów handlu emisjami i trudności w wypracowaniu kompleksowego oraz spójnego wewnętrznie podejścia. Międzynarodowa Komisja ds. Interpretacji Sprawozdawczości Finansowej (International Financial Reporting Interpretations Committee - IFRIC) 2 grudnia 2004 r. opublikowała wytyczne dotyczące księgowego ujęcia uprawnień do emisji dwutlenku węgla. IASB na posiedzeniu w czerwcu 2005 r. przegłosowała wycofanie IFRIC 3, w odpowiedzi na prośbę IFRIC o zastanowienie się nad alternatywnymi rozwiązaniami w zakresie rachunkowości praw do emisji. IASB uznała fakt występowania znaczących niepożądanych skutków, które może wywoływać IFRIC 3 i wycofała tę interpretację, aby zapewnić spółkom pewną elastyczność w ustalaniu wyniku księgowego, który zapobiegałby efektowi zmienności. Wycofanie nie unieważnia interpretacji FRIC 3 dotyczącej aktualnych standardów. Niektóre spółki będą nadal ją stosowały, uznając ją za właściwe podejście zgodne z aktualnie obowiązującymi standardami MSSF. Inne będą próbowały zastosować inne rozwiązania księgowe, które mieści się w ramach obowiązujących aktualnie standardów. Do kwestii wymagających szczególnie wnikliwego rozważenia zaliczane są: 1) rozstrzygnięcie, czy uprawnienia do emisji są aktywem (wartością niematerialną i prawną – intangible asset), podobnie jak np. licencje, czy też instrumentem finansowym, 2) sposób zaksięgowania uprawnień do emisji, przydzielanych przedsiębiorstwom przez rząd poniżej ich wartości godziwej i w związku z tym różnica pomiędzy ceną kupna (jeżeli taka sytuacja występuje, gdyż większość uprawnień jest przydzielana bezpłatnie) oraz wartością godziwą uprawnień jest grantem rządowym, 3) rozpoznanie i szacunek szkód wynikających dla przedsiębiorstw z nałożenia limitów emisyjnych, 4) rozpoznanie w księgach finansowych systemów zachęt oraz subsydiów, które przedsiębiorstwa mogą otrzymać z tytułu uczestnictwa w handlu emisjami, 5) ustalenie terminu powstania odpowiedzialności w systemach cap-and-trade, 6) księgowe ujęcie kar finansowych za nieprzedłożenie uprawnień na pokrycie emisji ale także kar niepieniężnych (np. wymaganie do zredukowania emisji w kolejnych latach), 7) księgowe ujęcie reguł dotyczących tzw. „bankingu”, 8) rozpoznanie sytuacji, gdzie uprawnienia są przyznawane np. na okres 5 lat ale wydawane w pięciu rocznych „ratach” – jak np. w systemie EU ETS w II okresie rozliczeniowym. Z kolei z protokołów posiedzeń FASB (aczkolwiek w mniejszym stopniu koncentrują się one na EU ETS a w większym na amerykańskich systemach stanowych) wynika, iż rozważane są także kwestie, czy np. należy różnicować sytuację z jednej strony uczestników systemu handlu emisjami zobowiązanych do umorzenia uprawnień na pokrycie swoich emisji oraz pośredników (brokerów, handlowców) z drugiej. Wskazywane są argumenty przeciwko takiemu rozróżnieniu, m.in. iż znaczna część podmiotów jest zaangażowana w oba zakresy działalności. Zwraca się także uwagę na celowość uwzględnienia odstępu czasowego pomiędzy terminem przyznania uprawnień oraz rozpoznania odpowiedzialności z tytułu konieczności ich umorzenia. Z zamieszczonego na stronie internetowej IASB planu prac tej organizacji wynika, iż wydanie Standardu Finansowego IFRS (International Financial Reporting Standard) planuje się na rok 2010, natomiast upublicznienie wstępnego projektu przewiduje się w 2009 r. Ten dokument może być używany, kopiowany i rozpowszechniany bez ograniczeń, pod warunkiem, że każda kopia będzie zawierać tę notę o prawach autorskich. This document may be freely used, copied and distributed on the condition, that each copy shall contain this copyright notice.
Stanowisko to nie jest jednak jednoznacznie akceptowane przez poszczególnych biegłych rewidentów badających sprawozdania finansowe firm.
W interpretacji IFRIC 3 "Uprawnienia do emisji", uprawnienia określono jako wartości niematerialne i prawne (intangible assets), które powinny być rozpoznane w wartości godziwej w dacie otrzymania przydziału od rządu. Dokument ten również zobowiązuje operatorów instalacji do uznania ich zobowiązań polegających na konieczności posiadania uprawnień pokrywających faktyczne emisje z instalacji.
Uregulowania systemowe handlu emisjami, w tym EU ETS, wywołują szereg wątpliwości w zakresie ujęcia w księgach oraz sprawozdaniach finansowych.
Na chwilę obecną żadna z ww. organizacji nie zdecydowała się (poza wycofanym IFRIC 3) na opublikowanie oficjalnego stanowiska w zakresie ww. zagadnień.
