Przyszły obrót uprawnieniami do emisji dwutlenku siarki i tlenków azotu na pewno nie będzie miał takiej skali jak handel uprawnieniami do emisji CO2. Wynika to z faktu, iż handel uprawnieniami do emisji CO2 ma charakter paneuropejski (w przeciwieństwie do krajowego tylko handlu SO2 i NOx) a ponadto krąg potencjalnych uczestników systemu obrotu CO2 jest znacznie szerszy niż analogiczny system dla dwutlenku siarki i tlenków azotu.
W systemie obrotu uprawnieniami do emisji gazów cieplarnianych mogą brać udział w zasadzie wszystkie podmioty bez specjalnych ograniczeń (poza założeniem rachunku w rejestrze) natomiast system obrotu uprawnieniami do emisji dwutlenku siarki i tlenków azotu jest ograniczony do podmiotów objętych tym systemem czyli emitentów. Tylko takie podmioty będą mogły handlować uprawnieniami do emisji SO2 i NOx (patrz art. 15 ust. 1 projektu ustawy: „Nabywcą uprawnień do emisji może być wyłącznie operator”).
Przy wszystkich odmiennościach obu systemów obrotu nie oznacza to jednak, iż niemożliwe jest wykorzystanie doświadczeń w zakresie handlu uprawnieniami do emisji gazów cieplarnianych do wdrożenia nowego krajowego systemu obrotu tlenkami azotu i dwutlenku siarki.
Dotyczy to zarówno zagadnień cywilno-prawnych, jak i podatkowych a także z zakresu rachunkowości.